NÚKIB v oblasti kryptografické ochrany mimo jiné provádí:
- zajišťování a koordinování kryptologického výzkumu a vývoje, řízení kryptografické ochrany utajovaných informací (vyhláška č. 447/2024 Sb., Vyhláška o zajištění kryptografické ochrany utajovaných informací a o některých náležitostech žádosti o uzavření smlouvy o zajištění činnosti),
 - certifikace kryptografických prostředků a kryptografických pracovišť (vyhláška č. 431/2024 Sb., Vyhláška o provádění certifikace při zabezpečování kryptografické ochrany utajovaných informací a o některých náležitostech žádosti o uzavření smlouvy o zajištění činnosti),
 - kontroly dodržování podmínek kryptografické ochrany utajovaných informací,
 - 
ověřování a schvalování způsobilosti kryptografických pracovišť pro manipulaci s kryptografickým materiálem EU.
 
Oblast kryptografické ochrany v působnosti NÚKIB zajišťuje:
- Oddělení certifikací kryptografických prostředků a pracovišť (OCKPP)
 - Oddělení Národní distribuční středisko (ONDS)
 - Oddělení kryptologických analýz (OKA)
 - Oddělení vývoje kryptografických prostředků (OVKP)
 
Předpisy:
Zákon č. 412/2005 Sb.
Nařízerní vlády 440/2024 Sb.
Vyhláška č. 447/2024 Sb., 
sdělení č. 9/2025 Sb.
příloha č. 1, 
příloha č. 2, 
příloha č. 3, 
příloha č. 4, 
příloha č. 5, 
příloha č. 6
Vyhláška č. 431/2024 Sb.
příloha č. 1, 
příloha č. 2
Oblasti působnosti kryptografické ochrany:
- informace
 - certifikace kryptografických pracovišť
 - certifikace kryptografických prostředků
 - zvláštní odborná způsobilost
 - výkon kryptografické ochrany
 - činnosti prováděné na základě smlouvy s NÚKIB
 - přeprava kryptografického materiálu a vývoz kryptografického prostředku
 
Předání nebo převzetí kryptografického dokumentu je nutné předem projednat na tel. č. 245 004 344.

